Samus laisse de côté (temporairement ?) la série des Metroid Prime développée par Retro Studio pour retourner à ses origines 2D. Pour marquer le coup, le développement est assuré par "Projet M", une équipe composée de la Team Ninja spécialisée dans les jeux d'action, de D-Rocket pour ce qui est des cinématiques ainsi que du studio de développement 1 de Nintendo. Le titre est également supervisé par Yoshio Sakamoto, l'un des pères fondateurs de la série.